Katılım öncesi mali yardım, Avrupa Birliği'nin "Merkezi Olmayan Yapılanma" anlayışı kapsamında oluşturulan bir sistemle yönetilmektedir. Merkezi olmayan yapılanma, fon yönetiminin her evresinin farklı bir birim tarafından yönetilmesini öngörür. Ancak bu birimler uyumlu bir ortak çalışmanın parçası olmalı ve birbirlerini denetleyebilmedirler.
Mali yardımın yönetiminden sorumlu birimler ve görevleri aşağıda sunulmaktadır:
. Ulusal Mali Yardım Koordinatörü: Sekreterya hizmetlerini Avrupa Birliği Genel Sekreterliği (www.abgs.gov.tr) tarafından yürütülen Ulusal Mali Yardım Koordinatörlüğü fonların izlenmesi ve değerlendirilmesinden sorumludur.
. Ulusal Fon: Hazine Müsteşarlığı tarafından yürütülen Ulusal Fon birimi gelen kaynakların dağıtımını sağlar ve muhasebesini tutar.
. Ulusal Yetkilendirme Görevlisi: Fonların kullanımından Avrupa Komisyonu'na karşı sorumlu olan kişidir. Görev Ekonomiden Sorumlu Devlet Bakanı tarafından yerine getirilir.
. Merkezi Finans ve İhale Birimi: AB destekli programlar kapsamındaki ihalelerin açılması, ihale sözleşmelerinin imzalanması ve fonun ihaleyi kazanan proje sahibine aktarılmasını sağlamaktan sorumludur.
. Uygulama Birimleri: Özellikle ekonomik ve sosyal uyum projelerinin ihaleleri ile ilgili olarak Merkezi Finans ve İhale Birimine destek sağlamaktadırlar.
. Mali İşbirliği Komitesi: Mali işbirliği ile ilgili birimlerin (ilgili bakanlıklar, planlama teşkilatları vb.) temsilcilerinin bir araya gelip koordinasyonun sağlandığı komitedir.
. Ortak İzleme Komitesi: Ulusal Yetkilendirme Görevlisi, Mali İşbirliği Komitesi ve Avrupa Komisyonu temsilcilerinden oluşan komite yürütülen programları gözden geçirmekle sorumludur.